Sau khi học tập tại Đại học Yonsei, Yun ký hợp đồng với câu lạc bộ Đức FSV Frankfurt vào tháng 5 năm 2011,[1] có màn ra mắt ở mùa giải 2011–12.[2] Sau đó anh thi đấu cho SV Sandhausen và FC Seoul.[3] Anh có màn ra mắt cho FC Seoul ngày 19 tháng 3 năm 2014, trong trận đấu tại Giải vô địch bóng đá các câu lạc bộ châu Á với câu lạc bộ Nhật Bản Sanfrecce Hiroshima.[4]

Anh gia nhập Sangju Sangmu để thực hiện nghĩa vụ quân sự after mùa giải 2016 kết thúc.[5]